Kontynuacja losów Jasona Bourne`a - byłego tajnego agenta CIA. Okazuje się, że program Treadstone został zmodyfikowany i przemianowany na Black Briar, podlegający amerykańskiemu Ministerstwu Obrony. Agencja odcięła się od swojej niechlubnej przeszłości, jednak wciąż obawia się zagrożenia ze strony Bourne`a, postanawia więc go zlikwidować. Tymczasem Bourne`a prześladują niejasne wspomnienia z jego przeszłości sprzed zaniku pamięci. Ucieczka przed poprzednim życiem okazuje się być niemożliwa, dlatego Bourne postanawia wrócić do początku i dowiedzieć, kto i po co go stworzył.